I Laboratori Nazionali di Frascati hanno ricevuto e ricevono fondi per progetti di ricerca da enti pubblici e privati: Commissione Europea (FP4, FP5, FP6, FP7 e Horizon 2020 ), MIUR (Premiali e Progetti Bandiera), MAECI (Progetti di Grande Rilevanza in Accordi Bilaterali con i paesi extra UE), MISE (Industria 2015, FIT, Industria 4.0), Regione Lazio e Regione Calabria (POR – FSE), NATO, ESA, ASI, Ospedale Pediatrico Bambin Gesù, Silicon Valley Foundation (USA), John Templeton Foundation (USA), tra i principali.

Le attività dei Laboratori riguardanti i fondi esterni sono coordinate dal gruppo di lavoro sui Fondi Esterni LNF. Esso offre inoltre supporto qualificato per la partecipazione alle call disponibili e alla realizzazione, allo svolgimento e alla rendicontazione di progetti finanziati da fondi esterni. Inoltre partecipa alle attività di programmazione e coordinamento di questi finanziamenti. Il servizio si coordina con la Direzione LNF e con il Servizio Nazionale Fondi Esterni e collabora con i referenti locali per il trasferimento tecnologico.